国付宝和支付宝的主要区别在于它们支付程序不同。国付宝提供的在线支付功能，买家可以通过国付宝直接向商家汇款，整个过程不需要人来保证。支付宝提供的支付功能，买家不可以直接向卖家汇款，需要通过支付宝平台，来保障买卖双方的交易安全。