工资超过5000扣税计算：

1.应纳税所得额=月度收入-5000元（起征点）-专项扣除（三险一金等）-专项附加扣除-依法确定的其别的扣除。

2.个人应纳税额=个人全年应纳税所得额*适用税率-速算扣除数=（全年收入额-60000元-社保、住房公积金费用-享受的专项附加扣除-享受的其别的扣除）*适用税率-速算扣除数。