农村合作医疗和社保是有冲突的，因为不能同时享受这两种待遇。在同时缴纳农村合作医疗与社保的前提下，建议注销合作医疗，只参加社保。社保不仅医疗险的报销比例高些，而且退休以后养老金也领取的比较多，待遇比农村合作医疗要好很多。