发酵工程包括以下内容：

1. 发酵微生物的选育和培养。

2. 发酵介质的筛选和制备。

3. 发酵过程的设计和控制。

4. 发酵产物的分离、纯化、检测和分析。

5. 发酵设备的设计、选型、安装和维护。

6. 发酵工艺的优化和改进。

7. 发酵生产的规模化和工业化。

8. 发酵过程的环境保护和安全管理。

9. 发酵技术与其他科学领域的交叉研究。