PDB文件可以用多种软件打开，包括但不限于以下几种：

1、Microsoft Excel：PDB文件是以文形式存储的，因此可以使用Excel打开。在Excel中打开PDB文件后，可以看到每个条目的数据，包括蛋白质名称、原子坐标等。

2、BIOVIA Materials Studio：这是一种专业的分子建模软件，可以打开PDB文件格式。使用Material Studio打开PDB文件后，可以查看并编辑分子的3D结构。

3、RCSB PDB：这是专门用于处理PDB文件的官方网站，提供在线的PDB文件浏览和查询功能。用户可以在该网站上直接打开和查看PDB文件。

4、PyMOL：这是一种用于分子可视化的软件，支持打开PDB文件格式。PyMOL可以显示分子的3D结构，并提供了丰富的可视化工具和功能。

5、UCSF Chimera：这是另一种分子可视化软件，同样支持打开PDB文件格式。Chimera具有强大的图形界面和多种可视化工具，可以用于显示和分析分子结构。

6、Gromacs：这是一种用于分子动力学模拟的软件，可以打开PDB文件格式。Gromacs可以用于研究分子的动态行为和相互作用。

7、NACCESS：这是专门用于计算分子表面和溶剂可及性的软件，也支持打开PDB文件格式。NACCESS可以用于分析分子的溶剂暴露和相互作用。